Кал з унітазу збирати заборонено. Для дослідження потрібно збирати свіжовиділений кал в стерильний одноразовий контейнер для калу в кількості не менше 10─15 г. з трьох різних ділянок спеціальною ложкою, вмонтованою в кришку контейнера. (1/3 об'єму контейнера).

Матеріал необхідно збирати із останньої порції випорожнень. Для цього аналізу з різних ділянок останньої порції відбирають 10‒ 15 г калу. Кал не має містити сторонніх домішок, наприклад сечі. Кал забирається спеціальної «ложкою», вбудованою в накривку спеціального контейнера.

Зібрати кал необхідно вранці. Бажано доставити матеріал в лабораторію протягом 2 годин після збору, щоб під дією ферментів і мікроорганізмів у ньому не відбулися суттєві зміни. Якщо це викличе труднощів, можна підготувати пробу заздалегідь, але не більше ніж за 8 годин до здачі калу в лабораторію.

Пацієнт повинен за три дні до передбачуваного часу взяття зразка калу для аналізу виключити з раціону харчування м'ясо, рибу, помідори, зелені овочі та фрукти такі як яблука, перець, шпинат, квасоля. Відмовитися від прийому медикаментів, які містять у своєму складі залізо та проносних засобів.

Кал збирається у стерильний спеціальний контейнер з ложечкою після дефекації виключно природнім шляхом. У лабораторію біоматеріал повинен бути доставлений протягом двох годин. Допускається зберігання матеріалу у холодильнику не більше одного дня.

матеріал необхідно здавати не раніше ніж через 14 днів після закінчення прийому антибактеріальної, противогрибкової терапіі, прийому пробіотиків. Винятком можуть стати особливі призначення лікаря. Матеріал необхідно доставити в лабораторію Меділабс одразу ж або не пізніше 2 годин після дефекації.